市交通运输局设5个内设机构：
（一）办公室。
负责协调和督办机关日常工作；负责机关文电、会务、机要、保密、档案、信息、政务公开、社会治安综合治理、信访等工作；负责机关及所属单位财务和国有资产监督管理工作。
（二）政工科（监察室）。
负责机关并指导所属单位的党建、宣传、思想政治、精神文明建设、人才队伍建设、群团工作、离退休人员的管理服务工作；负责机关及所属单位的党风廉政建设、行政监察工作；负责开展全市交通运输系统政风行风建设和公路“三乱”治理工作；负责机关及所属单位干部人事、机构编制管理工作。
（三）规划建设管理科。
组织编制综合运输体系规划、行业发展规划和年度计划；牵头组织公路、水路工程项目建设，参与公路、水路工程项目的竣（交）工验收；承担交通运输工程项目的招投标、监理、质量技术监督、环境保护和从业资质等监督工作，负责城市公共客运设施的建设和公共客运设施监管工作；拟订公路、水路等交通运输基础设施建设相关管理办法，并监督实施；负责公路、水路建设市场监管和铁路、民航机场建设管理工作；承担交通建设市场信用信息管理工作；指导公路养护、路政管理和货运车辆超限超载治理工作；负责交通运输行业综合统计、分析和信息发布工作；负责协调交通科技项目、科技成果鉴定和推广应用。
（四）运输管理科。
承担公路、水路运输市场监管和城市客运监督管理工作；指导道路运输及其相关业务管理工作；组织协调重点物资、紧急客货运输，参与联合运输协调工作；负责道路、水路运输统计、预测和信息引导工作；指导公路、水路行业节能减排和环境保护工作；指导交通运输行业信息化建设。
（五）政策法规和安全监督科。
组织开展交通运输行业有关政策研究，指导交通运输行业体制改革工作；承担地方性行政措施的规划和起草工作，负责规范性文件的审核与备案；负责交通运输法制建设、行政执法监督、行政复议和行政应诉工作，承担法制宣传教育工作； 组织拟定并监督实施公路、水路安全生产工作政策措施和应急预案，负责公路、水路运输安全生产综合监督；依法组织或参与有关事故调查处理工作，承担公路、水路突发公共事件应急管理工作；负责安全信息的统计、分析工作。